这个故事发生在米罗(詹姆斯·阿诺德·泰勒 James Arnold Taylor 配音)和齐达(克里·萨莫 Cree Summer 配音)留在亚特兰提斯之后,当几艘货船在亚特兰提斯北方的海域遭受攻击时,两人和前来探险的小组展开了调查,却发现攻击者并非机械龙虾,而是其他神秘的力量。
在渡过这次危机后,齐达决定找出如何最大限度地利用魔幻水晶的方法。她与米罗以及探险队员一同踏上了旅程,希望揭开事件背后的谜团。他们面临着一个重要的抉择,是将魔幻水晶运用起来,还是永远将其隐藏。在寻找答案的过程中,他们遭遇了各种挑战和危险,他们必须面对自己内心的矛盾和观念之争,同时也要权衡利益和可能带来的后果,这个决定将决定亚特兰提斯的未来和他们自己的命运。